【摘要】 今天我们通过结合packmol和moltemplate来实现复杂体系分子建模,以水液滴蒸发模型为例。

之前我们已经把几乎所有的分子建模方式列举了一遍官方推荐!LAMMPS分子模拟Moltemplate建模方法超实用!分子模拟建模的N种方法,已收藏!,今天我们通过结合packmol和moltemplate实现复杂体系分子建模,以水液滴蒸发模型为例。

 

 

01准备输入文件

准备N2.pdb、TIP4P.pdb以及packmol输入文件model.inp

 

 

 

 

运行packmol < model.inp可生成model.pdb文件,该文件包含了水液滴蒸发模型中所有原子的坐标,但缺少键、键角等拓扑结构信息。

 

02准备输入文件

 

准备N2.lt、TIP4P.lt以及moltemplate输入文件model.lt

 

 

 

 

*格式文件获取方式见文末

 

运行moltemplate -pdb model.pdb model.lt可生成model.data文件,该文件可在lammps中直接使用。

 

 

结合packmol和moltemplate来进行分子建模的原理为:通过packmol获取原子坐标(可以是pdb或xyz格式),通过moltemplate补全拓扑信息、力场信息等,并生成lammps的data格式文件。理论上通过这种建模方式可以建立任意结构的分子模型。

 

格式文件获取后台回复:0804

 

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