【摘要】 转录组分析与环境中直接取样的微生物群落的转录组有关。

转录组分析与环境中直接取样的微生物群落的转录组有关。访问自然细菌群落中的mRNA库带来了一些技术挑战，如RNA提取、rRNA耗竭和高通量测序技术的选择。科学文章中缺乏技术细节是从微生物群落中正确获得mRNA以及相应测序数据的一个主要问题。在我们的研究中，我们介绍了在一个淡水富营养化湖泊中连续发生两次蓝藻水华期间，为了获取微生物群落的转录组而开发的方法程序。每个程序步骤都进行了详细说明，并根据所遇到的选择和困难以及最近的文献进行了讨论。最后，以自然环境中的细菌群落为靶点的转录组学方法的两个主要限制是（i）去除rRNA以增加测序后假定的mRNA读取数，以及（ii）对于生活在自然环境中的大多数细菌群落，数据库中缺乏参考基因组，导致大量读取未分配。

 

为了在自然生态系统中繁殖，生物体必须对各种变化的环境条件做出快速反应。这种短期反应可以通过研究mRNA（即转录组）的总体来估计，这是一种活性和反应性成分。已经开发了两个技术平台来进行转录组分析：微阵列和RNA-Seq（使用下一代测序技术进行全转录组鸟枪测序）。这些平台有助于全面重新注释细菌基因组，并以高分辨率量化基因表达（Filiatrault 2011；Ma¨der et al.2011）。RNA-Seq方法相对于微阵列的一个有趣优势是测序不需要基因组序列的知识（Ma¨der et al.2011）。如今，由于下一代测序（NGS）开发的突破，环境“组学”方法已进入下一个逻辑步骤：元转录组学。这种方法与直接在环境中取样的微生物组合的转录组有关，而没有关于该群体可能表达哪些基因的任何事先信息（Poretsky等人，2005年）。这样，这是前转录组学方法的扩展版本。由于样本环境中的大多数微生物群落未知且高度多样化，微阵列无法很好地对其进行转录组研究。另一方面，测序方法的真正好处是在没有先验知识的情况下研究群体，尤其是在没有针对特定代谢的情况下。

 

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