【摘要】 蛋白质组学一词是在1994年提出的，在过去的25年里，随着质谱仪器的快速变化以及定量化学和生物信息学工具的创新，该领域取得了进步。

蛋白质组学一词是在1994年提出的，在过去的25年里，随着质谱仪器的快速变化以及定量化学和生物信息学工具的创新，该领域取得了进步。尽管在早期，伴随质谱检测的二维凝胶电泳被广泛用作蛋白质组学的首选方法，但它费时费力，且受分离蛋白质数量的限制。目前，液相色谱-串联质谱联用是大规模系统鉴定和定量蛋白质最有价值的工具。大多数蛋白质组学工作流程寻求确定一组蛋白质（发现蛋白质组学），或量化不同条件下确定的蛋白质的相对或绝对数量（定量蛋白质组学），或研究更大的蛋白质复合物（相互作用组）内或更广泛的生物网络背景下的蛋白质相互作用（系统生物学）。光谱片段化方法包括两种方法，即“非靶向鸟枪蛋白质组学”，这有助于实现蛋白质组的深度覆盖，以及“目标蛋白质组学”，用于基于一组定义的蛋白质（例如，选定的反应监测）对大量样本（数百到数千）进行定量比较（图1）。大多数高通量蛋白质组学策略利用“自下而上”的工作流程，依靠特定酶（例如胰蛋白酶）的帮助，对蛋白质中的消化肽进行质谱分析，但也可以采用“自上而下”的方法分析完整的蛋白质。这不仅可以通过名称识别蛋白质，还可以识别其完整的分子形式、异构体的存在和潜在的修饰。任何给定蛋白质组的大规模表征都是通过将测量的蛋白质或肽数据与来自基因组信息的预测蛋白质或肽数据进行比较来完成的。

 

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