【摘要】 染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是被广泛应用于研究DNA和蛋白质相互作用的方法。

染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是被广泛应用于研究DNA和蛋白质相互作用的方法。分离DNA-蛋白质复合物之后,对DNA进行PCR扩增,验证目标序列是否存在。除验证实验外,ChIP DNA也可以进行测序分析,这种方法称为ChIP-SEQ;也可做芯片分析,这种方法被称为ChIP-on-chip。这两种方法都可以用于分析目的蛋白结合的未知序列,进行探索性研究。

 

用比较精确的实时定量PCR方法检测沉淀的DNA样品,称为实时定量染色质免疫共沉淀技术(qChIP)。这是一种在体内确定DNA和蛋白质相互作用的灵敏、精确的方法。与ChIP-on-Chip方法相比,成本较低。目前已有将qChIP应用于分析减数分裂时期蛋白质和DNA相互作用的研究。

 

为了在基因组范围内重新发现转录因子的结合位点,需进一步确定染色质免疫共沉淀实验得到的DNA样品的序列。其序列可以通过直接测序确定,这种方法称为ChIP-SEQ。ChIP-SEQ为巨大的DNA并行序列应用快速进化平台,以高分辨率确定样品中富集的基因组区域。目前,Illumina Genome Analyzer(GA)技术频繁用于ChIP-SEQ应用的平台。

 

ChIP和DNA微阵列芯片技术的结合是一种高通量分析DNA和蛋白质结合或者翻译后染色质/组蛋白修饰的方法,被通俗地称为“ChIP-on-chip”。该技术已经成为深入研究内源蛋白质和DNA 相互作用的有力工具。因该技术能在基因组范围内确定转录因子或组蛋白修饰所在位置的染色质结合位点,故也被称为全基因组定位分析(genome-wide location analysis,GWLS)。

 

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