RNA免疫共沉淀测序

RNA免疫共沉淀测序(RNAImmunoprecipitation Sequencing,RIP-Seq）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。RIP-Seq技术原理：通过目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，分离纯化后，对结合在复合物上的RNA进行高通量测序分析。Zhao等人通过RIP-Seq找到了9000多个胚胎干细胞中与PRC2(Polycomb repressivecomplex 2）相互作用的RNA，PRC2结合多个印记基因和原癌基因，其中Gtl2 RNA通过PRC2定位到Glk1基因，从而实现基因组印记。

Argonaute蛋白的CLIP-Seq(crosslinking immunoprecipitation andhigh-throughput sequencing）被用于解析miRNAs与靶基因的相互作用。其特点在于通过紫外交联将RNA结合蛋白(RBPs）与体内结合的RNA分子进行固定，然后用Argonaute蛋白抗体免疫沉淀，酶解未受蛋白保护的RNA，从而获得目的蛋白直接结合的RNA序列。

Darne11等人通过此技术同时获得了小鼠脑Ago-miRNA和Ago-mRNA结合位点的两组数据，结合生物信息学证实了整个基因组的miR-124相互作用图，并绘制了P13小鼠脑内含量最多的20种miRNAs相互作用图。随后，科学家们对线虫、小鼠胚胎干细胞、人等进行了miRNAs作用靶基因的鉴定。在此技术的基础上，Hafner等人推出了新的改良技术PAR-CLIP( photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP)，即在细胞培养的过程中，加入光活性增强的核糖核苷以提高紫外交联效率。

RNA免疫共沉淀测序技术诞生至今，已经在生命科学的多个领域发挥了极大的作用，应用范围极广，使很多以前不能做或者很难做的研究成为了可能。相信该项技术仍会不断地发展，应用到生命科学研究更多的领域。

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