ACS计算化学投稿规范解读：DFT、分子动力学与虚拟筛选论文需要提交哪些信息？

科研人必备干货｜全套科研知识库

常用科研资料汇总，点击领取即可获取。

你花了三周跑完 DFT 优化，又花三周做了分子动力学模拟，结果漂亮——能量垒完美吻合实验值，轨道图赏心悦目。你满怀信心投了出去。

两周后，一封审稿意见回来了："The choice of B3LYP/6-31G(d) is not justified, and the convergence criteria are not reported. The reliability of all computational results is therefore questionable. The calculations must be redone with a properly validated methodology"

论文被要求大修。而这一切，本来可以避免。

一、ACS 94 本期刊，超过三成有「专门考核」

ACS（美国化学会）最近更新的对计算化学的规范（26年7月版）已经细化到了力场参数、基组选择理由、收敛标准、坐标文件格式的层面。

我们对 ACS 旗下全部 94 本期刊 的作者指南做了系统梳理，其中 94 本 ACS 期刊中，33 本设有专门计算化学章节，包含了8 种不同要求模板。篇幅过长，本文大概提取了几个要点，后台私信20260713获取期刊梳理全篇。

二、审稿人打开你的论文，最先翻的 5 样东西

1. 软件引用

你用了 Gaussian 16？版本号写了没有？引用了原始方法文献没有？只写 "DFT calculations were performed using Gaussian" 是不合格的。

2. 基组与泛函

B3LYP/6-31G* 还是 M06-2X/def2-TZVP？为什么选这个泛函？有没有给出合理性论证？JACS、Organometallics 等期刊明确要求：

"The choice of functional must be justified, or the validation of the functional provided."

3. 收敛标准

几何优化收敛了吗？收敛阈值是多少？JPC 系列（引用 IUPAC 指南）的原话是：

"An iterative calculation is considered to have converged when further iterations will not significantly alter the results."

4. 坐标文件

所有优化结构的笛卡尔坐标放哪了？.xyz 格式还是 .mol 格式？Inorganic Chemistry、Organic Letters、JOC、Organometallics 四本期刊强制要求提交坐标文件，不是可选项。

5. 能量与虚频

JACS 和 ACS Catalysis 明确要求：绝对能量（hartree）不要写在正文，放进 Supporting Information；虚频数目必须报告以确认是稳定结构还是过渡态。

⚠️ 最重要的一条

JACS、ACS Central Science、ACS Catalysis 等期刊的作者指南中有一句硬性否决条款：

"Results obtained from methods or parameters that are not adequately described in the manuscript or in the literature are not acceptable for publication."

翻译过来就是：方法或参数描述不清的结果，直接不予发表。 不是大修，是直接拒。

三、不同期刊，要求天差地别

下面把ACS 33 本有专门要求的期刊，按文本内容归为 8 大类。看看你要投的期刊属于哪一类。

A 类：通用简短版 —— "说了，但说得很简"

适用期刊（11 本）：

ES&T, ES&T Letters, ES&T Air/Engineering/Water/Toxicology, ACS Environmental Au, ACS Sustainable Chem. & Eng., Environment & Health, ACS Sustainable Resource Management 等

最简洁的模板，只有一段话：要求给出力场参数、模型方程、方法和基组，软件须正确引用。适合环境科学类论文中计算化学作为辅助手段的情况。

ACS 原文：

When computational chemistry calculations are performed, input data—including force field parameters, equations defining the model (or references to where such material is available in the open literature), methods and approaches, and basis sets—must be given either within the paper or in the SI. If the software used for calculations is generally available, it must be properly cited in the References.

B 类：JACS 标准版 —— "计算是核心，就得交底"

适用期刊（7 本）：JACS, ACS Catalysis, ACS Central Science, ACS Nano, ACS Materials Au, ACS Nanoscience Au, ACS Organic & Inorganic Au

在 A 的基础上大幅加码：要求提供电子结构计算的几何构型（笛卡尔坐标或 Z 矩阵）、绝对能量（hartree，放 SI）、虚频数目。且包含上述 "描述不清即拒稿" 的硬性条款。

关键差异：JACS/ACS Central Science 写 "References and Footnotes"；ACS Catalysis 只写 "References"；ACS Nano 等额外要求 "Large datasets must be housed as online SI"。

C类：Computations（B类简版）

适用期刊（1 本）：ACS Organic & Inorganic Au 特征：比类型 B 更简洁，缺少几何构型和虚频要求段落。

D 类：IUPAC 详细版 —— "物理化学家的天条"

适用期刊（5 本）：JPC A/B/C/Letters, ACS Physical Chemistry Au

直接引用 IUPAC 1998 年发表的指南（Pure Appl. Chem. 70, 2047），以 6 条项目符号列出，核心精神是可重现性（reproducibility）。特别强调：软件来源、版本号、力场、程序修改、参数变更、程序选项（介电常数、非键截断等）必须在正文中完整描述。

E 类：超详细版 —— "每个坐标都要交"

适用期刊（4 本）：Inorganic Chemistry, Organic Letters, JOC, Organometallics

篇幅最长，要求最细。必须提交 .xyz 格式的笛卡尔坐标文件（所有分子、中间体、过渡态打包成一个文件）；DFT 泛函须给出选择理由；多参考计算要报告活性空间定义；开壳层体系须说明自旋态处理方式。Organic Letters 和 JOC 还额外要求计算预测光谱（NMR/ECD/VCD/旋光度）的详细报告规范。

特别注意：这些期刊明确说 "技术导向的计算论文（如纯方法比较、基组效应研究）不被鼓励"。

F 类：药物化学超详版 —— "虚拟筛选的终极考核"

适用期刊（2 本）：J. Med. Chem., ACS Bio & Med Chem Au

全 ACS 最严苛的计算化学要求，分 7 个子节。虚拟筛选论文须通过 8 条验证标准（剂量响应、IC₅₀ 确证、PAINS 过滤、排名透明化等）；不接受专有数据用于建模；所有计算模型须提交 PDB 坐标。

另外还有 G 类（ACS Med. Chem. Lett. / ACS Infect. Dis.，简化版药物化学要求）、H 类（J. Nat. Prod.，聚焦 docking 实验验证）和 3 个特殊类型期刊。

四、投稿前自查清单（建议收藏）

不管你投哪本 ACS 期刊，以下清单覆盖了所有类型的核心要求。? 为硬性否决项，缺了可能直接被拒：

1.? 论文或 SI 中明确给出力场参数、方法、基组（不能只写方法名）

2.? 提供定义模型的方程或其公开文献出处

3.? 正确引用所用软件——名称、来源、版本号缺一不可

4.? 引用软件所基于方法的原始文献（不只是软件手册）

5.提供足够细节使他人可重现计算（输入关键词、模型截断说明等）

6.? 含电子结构计算时：提供几何坐标（.xyz 或 Z-matrix）

7.绝对能量（hartree）放入 SI，不写正文

8.? 报告虚频数目以确认稳定结构 / 过渡态

9.DFT 计算：阐明泛函选择理由或提供验证

10.报告收敛标准（SCF 收敛阈值、几何优化收敛判据）

11.含分子动力学时：描述力场参数来源、系综类型、时间步长、模拟时长

12.含多参考计算时：报告活性空间定义

13.含开壳层体系时：说明自旋态处理方式

14.含虚拟筛选时：PAINS 过滤、剂量响应验证、排名方法透明化

15.计算模型提交 PDB 坐标文件（药物化学类期刊）

16.含计算预测光谱时：构象搜索报告 + 标度参数 + 统计指标（R²/RMSD/DP4+）

? 一个实用建议：在论文写作之初就建一个 computational_details.docx 文件，把每一步计算的方法、基组、泛函、关键词、收敛标准、软件版本都记录下来。写作时直接复制到 Methods 或 SI。这个习惯能帮你省掉返修时翻箱倒柜找参数的时间。

五、你做哪类计算，该参考哪类要求

写在最后

计算化学不是"跑完软件出图就行"的黑箱。审稿人需要的是可重现、可验证、可追溯的计算结果。

把参数写清楚、把坐标存好、把软件引对——这不是在应付期刊要求，而是在维护你自己研究的可信度。毕竟，如果连审稿人都无法复现你的计算，几年后你自己还能复现吗？

ACS Environmental Science & Technology 作者指南中有一句话，值得每位计算化学研究者牢记：

"If the software used for calculations is generally available, it must be properly cited in the References. References to the methods upon which the software is based must also be provided."

—— ES&T, Computational Chemistry Calculations (2026.7.3 版)

软件不只是工具，方法是它的灵魂。引用软件，也要引用它背后的方法。

把每一个参数、每一份坐标、每一条引用都交代清楚，这是计算化学论文最基本的底线。

本文基于 ACS 旗下 94 本期刊作者指南（2026.7.3 版）系统整理。数据来源：ACS Researcher Resources，整理日期：2026-07-08。