【摘要】 蛋白质的特性对分子表型的研究产生了重要的作用，并且与转录不同，蛋白质代表了生物体适应不断变化的环境的过程。

蛋白质的特性对分子表型的研究产生了重要的作用，并且与转录不同，蛋白质代表了生物体适应不断变化的环境的过程。蛋白质组学是对动态蛋白质的补充研究，它提出了一种很有前途的方法，可以从系统的角度研究蛋白质如何变化，从而了解海洋生物如何适应海洋环境的各种非生物和生物条件。对密切相关的同类物和种群的蛋白质组学反应的比较表明，多种细胞过程对于适应环境压力至关重要。

蛋白质组是一个动态和复杂的网络，可以对环境变化做出快速反应，并且在许多方面独立于基因组，例如，不需要转录激活。这种独立于转录的动态响应能力是通过许多蛋白质的多功能性、大量翻译后修饰(PTM)和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)实现的。PTM和PPI的研究为阐明将环境压力转化为细胞水平生化反应的信号这一过程提供了支持，正因如此，人们对进行蛋白质组学分析产生了浓厚的兴趣。

尽管科学界有浓厚的兴趣，但进行蛋白质组学分析仍然存在许多障碍，例如，样品制备的基础知识、蛋白质组学项目专业科研人员的沟通渠道等。即使在获得蛋白质组数据集之后，解释也常常令人望而生畏，因为必须考虑与PTM和PPI相关的多种蛋白质功能和酶活性变化。很少有研究能够描述响应环境压力而变化的PTM或PPI。这在一定程度上是因为对许多海洋生物的细胞网络缺乏更深入的了解，这些海洋生物要么是新兴模式生物，要么是非模式生物。

 

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