【摘要】 基于质谱(MS)的蛋白质组学是一种广泛使用的方法，用于鉴定和定量蛋白质在大尺度和小尺度[1]。

基于质谱(MS)的蛋白质组学是一种广泛使用的方法，用于鉴定和定量蛋白质在大尺度和小尺度[1]。它已成功地用于研究整个蛋白质组，不同条件或生物状态，翻译后修饰(PTMs)，药物筛选，生物标志物发现，靶标验证等。基于质谱的蛋白质组学主要依靠三种采集方法:数据依赖采集(data-dependent acquisition, DDA)、数据独立采集(data-independent acquisition, DIA)和靶向采集。前两种方法是发现方法，旨在识别和量化样品中最多数量的肽，而靶向获取方法旨在识别和量化一组特定的肽。DDA是蛋白质鉴定和定量中最常用的获取方法。在DDA中，质谱仪在MS1扫描之间交替，寻找最强烈的前体离子，然后触发其破碎，产生碎片或MS2光谱。由于其性质，该方法偏向于鉴定更丰富的蛋白质，导致肽鉴定的随机性和低重复性。DIA采集作为DDA的替代方案出现，旨在减少随机性和增加可重复性。在DIA中，碎裂不依赖于前体离子的强度。相反，质谱仪在m/z范围内以固定或可变大小的窗口将所有离子碎片化。由于所有离子都是碎片化的，因此数据的完整性更高，而且不局限于最强烈的离子，从而导致更好的蛋白质组覆盖和可重复性。然而，即使在这种情况下，由于最低丰度和最高丰度蛋白质之间的动态范围限制，低丰度肽的鉴定和定量仍然是一个挑战。

在许多情况下，低丰度肽来源于调节蛋白，对生物调节很重要。这是属于蛋白质的肽的情况，这些蛋白质可以用作潜在的生物标志物，具有翻译后修饰的蛋白质，激酶，转录因子等。在靶向获取模式下，质谱仪根据其m/z和保留时间过滤感兴趣的离子，从而降低了样品的复杂性，实现了对特定肽组的高特异性、敏感性、可重复性检测和准确定量。靶向蛋白质组学已经成熟，是通过基于质谱的蛋白质组学方法来验证和验证潜在生物标志物的最后一步。与酶联免疫吸附测定(elisa)相反，生物标志物验证和验证中最常用的方法是靶向蛋白质组学，它可以在一次质谱分析中验证多个靶标。由于靶标的数量有限，人们一直在努力增加这个数字，多路靶向蛋白质组学正在成为现实。

[1] Marta L. Mendes, Gunnar Dittmar. Targeted proteomics on its way to discovery[J]. Proteomics, 22, 15-16.