【摘要】 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在调节给定细胞或生物中的生物学和生理功能中至关重要。

蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）在调节给定细胞或生物中的生物学和生理功能中至关重要。蛋白质组学与生物信息学工具一起代表了涉及表征给定生物系统基因组蛋白质含量的研究。像PPI一样，编码或非编码RNA与一组复杂的宿主蛋白蛋白质之间的相互作用在翻译，转录后和表观遗传水平的基因表达中起着至关重要的作用。尽管诸如shot弹枪蛋白质组学，MuDPIT等广泛的技术可用于表征PII，但用于表征RNA与蛋白质相互作用的技术尚处于起步阶段。鉴于长非编码RNA（lnc-RNA）在植物生物学中的重要性，必须分离并表征与RNA相互作用的宿主蛋白质组的功能。在这种情况下，核糖体学方法成为研究这些相互作用的有价值的工具。在这里，使用黄瓜花叶病毒（CMV）的非编码植物病原性卫星RNA（Sat-RNA）作为RNA来源，我们描述了用于鉴定与Sat-RNA特异性相互作用的宿主蛋白质组的分步协议。该协议简化了以下步骤：从RNA的体外转录开始，制备RNA亲和柱，从被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片制备细胞裂解液，然后进行Co-IP和制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的各种性质的RNA。核糖体学方法成为研究这些相互作用的有价值的工具。在这里，使用黄瓜花叶病毒（CMV）的非编码植物病原性卫星RNA（Sat-RNA）作为RNA来源，我们描述了用于鉴定与Sat-RNA特异性相互作用的宿主蛋白质组的分步协议。该协议简化了以下步骤：从RNA的体外转录开始，制备RNA亲和柱，从被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片制备细胞裂解液，然后进行Co-IP和制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的任何性质的RNA。核糖体学方法成为研究这些相互作用的有价值的工具。在这里，使用黄瓜花叶病毒（CMV）的非编码植物病原性卫星RNA（Sat-RNA）作为RNA来源，我们描述了用于鉴定与Sat-RNA特异性相互作用的宿主蛋白质组的分步协议。该协议简化了以下步骤：从RNA的体外转录开始，制备RNA亲和柱，从被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片制备细胞裂解液，然后进行Co-IP和制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的任何性质的RNA。使用黄瓜花叶病毒（CMV）的非编码植物病原性卫星RNA（Sat-RNA）作为RNA来源，我们描述了用于识别与Sat-RNA特异性相互作用的宿主蛋白质组的分步协议。该协议简化了以下步骤：从RNA的体外转录开始，制备RNA亲和柱，从被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片制备细胞裂解液，然后进行Co-IP和制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的各种性质的RNA。使用黄瓜花叶病毒（CMV）的非编码植物病原性卫星RNA（Sat-RNA）作为RNA来源，我们描述了用于识别与Sat-RNA特异性相互作用的宿主蛋白质组的分步协议。该协议简化了以下步骤：从RNA的体外转录开始，制备RNA亲和柱，从被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片制备细胞裂解液，然后进行Co-IP和制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的任何性质的RNA。制备被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片的细胞裂解液，然后进行Co-IP并制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的任何性质的RNA。制备被Sat-RNA感染的本氏烟草叶片的细胞裂解液，然后进行Co-IP并制备LC-MS / MS样品。我们相信这种方法适用于与真核和原核生物有关的任何性质的RNA。