【摘要】 高通量测序技术和计算方法的最新进展为宏基因组数据分析增加了一个新维度，即基因组解析的宏基因组学。

高通量测序技术和计算方法的最新进展为宏基因组数据分析增加了一个新维度，即基因组解析的宏基因组学。一般而言，它是指恢复草稿或高质量的微生物基因组及其分类和功能注释。近年来，一些研究利用基因组解析的宏基因组分析方法，从人类和环境宏基因组中鉴定出以前未知的微生物物种。在这篇综述中，我们将基因组解析的宏基因组分析描述为一系列四个必要步骤：（i）测序读数的预处理，（ii）从头宏基因组组装，（iii）基因组分箱和（iv）分类和功能分析恢复的基因组。对于这四个步骤中的每一个，我们讨论了最常用的工具和当前可用的管道，以指导科学界从任何宏基因组样本中恢复和随后分析基因组。此外，我们还讨论了验证组装质量以及提高恢复基因组质量所需的工具。我们还重点介绍了当前可用的管道，这些管道可用于自动化整个分析，而无需高级生物信息学知识。最后，我们将重点介绍最广泛适应和积极维护的工具和管道，这些工具和管道可以帮助科学界在开始分析之前做出决策。我们还讨论了验证组装质量以及提高恢复基因组质量所需的工具。我们还重点介绍了当前可用的管道，这些管道可用于自动化整个分析，而无需高级生物信息学知识。最后，我们将重点介绍最广泛适应和积极维护的工具和管道，这些工具和管道可以帮助科学界在开始分析之前做出决策。我们还讨论了验证组装质量以及提高恢复基因组质量所需的工具。我们还重点介绍了当前可用的管道，这些管道可用于自动化整个分析，而无需高级生物信息学知识。最后，我们将重点介绍最广泛适应和积极维护的工具和管道，这些工具和管道可以帮助科学界在开始分析之前做出决策。

 

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