【摘要】 VMD是一款通过3D界面以及内置脚本，展示分析蛋白质、核酸、脂类双分子层组装等生物大分子的分子可视化程序，支持运行MacOS X、Unix或Windows系统，免费发布，并包含源代码。

VMD是一款通过3D界面以及内置脚本，展示分析蛋白质、核酸、脂类双分子层组装等生物大分子的分子可视化程序，支持运行MacOS X、Unix或Windows系统，免费发布，并包含源代码。

 

VMD提供了多种方法来渲染和着色分子，可以用来制作动画以及分析分子动力学模拟的轨迹。其功能强大，界面简单，且容易上手，今天就简单介绍一下，如何通过VMD查看蛋白质的结构。

 

1.打开蛋白质

 

 

2.3D结构展示

 

鼠标左键旋转分子，鼠标滚轮缩放分子

保持键盘大写锁定，按下“=”键使分子恢复初始，“T”键可平移分子，“R”键旋转分子，“X”、“Y”、“Z”键可使分子围着XYZ轴自动旋转；

 

 

3.蛋白质展现形式

 

可以通过调整不同分子的展现形式为线状、球棍状或条带状，或者以二级结构、氨基酸类型等为着色方式，以表达分子。

 

 

4.突出分子重要部分

 

创建新的图层，将希望突出的部分采用不同的展示方式，双击该图层，变红，即可隐藏，再次双击则恢复显示；

 

 

5.增加标签

 

VMD可添加原子、键、键角、二面角的标签，此处以原子为例

 

 

6.保存当前状态

 

如果今天做完了，担心还需要调整，可保存当前的可视化状态，避免从头来过，1jma.vmd文件中会详细记录下所做的操作过程:

 

*注意：

1）保存路径需要为全英文，

2）文件不可随意复制到其他路径下，如需更改路径需要在文件中更改

 

 

7.导出图片

 

如何渲染得到高质量的图片在之前已经介绍过，分子模拟||VMD图像保存实用教程，在此就不做过多的赘述,大家自行查看。

 

 

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