【摘要】 Gaussian计算教程

凌晨1点

发生如下对话

X老师，这个CD预测数据明天早会要用，拜托帮帮忙，今晚给算一下.

好的好的，一定搞定。

……

半小时后把一批分子建好模型，回到聊天窗口

亲，你说的CD是VCD还是ECD？

亲，看到回复一下。

……

估计是睡了。

 

此时我手握一堆分子结构陷入了迷茫。明早客户就要用数据，到时候问了再去做肯定来不及了。那就都给算了吧。怎么样才能一次性都给算了？

 

如果优化和频率分析以及激发态计算分开弄，我要蹲守一直刷新服务器信息，等着优化完再进行下面的计算，我今晚估计又要通宵了。那么有没有一种方法可以一次性搞定这一系列的计算？

 

废话不多说，先上输入文件样本（样本内关键词并非计算CD谱最合适的关键词）

 

%chk=test.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p opt freq=vcd M062X/6-311g(d)

[weilijisuan]

0 1
C    -0.94553710    0.17397882    0.00000000
H    -2.01553710    0.17399200    0.00000000
F    -0.49552931    0.81036906    1.10227059
Cl    -0.35889057    -1.48537221    0.00000000
Br    -0.30885941    1.07435316    -1.55950876

--Link1--
%chk=test.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p TD(nstates=20) M062X/6-311g(d) Geom=AllCheck Guess=Read

 

1

*Geom=AllCheck 从chk文件获取分子说明（包括变量），电荷，多重度和标题部分。因此当使用这一选项，只需要定义执行路径和关键词所需的输入。

 

*Guess=Read 表示从指定的chk文件获取收敛的波函数作为初猜。可以省去从头再算一次SCF的时间，如上述输入文件的计算，一圈就收敛了（本来前后的计算泛函和基组参数都是一样的，肯定直接收敛）

 

上面不重要的说了那么多，最终我们说到这个分步计算  --Link1--  的使用问题。主要使用的注意事项就是--Link1--前面必须空一行。其他的真的没啥了。

 

甚至我给整成下面这样都能算

 

%chk=test1.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p opt M062X/6-311g(d)

[No Title]

0 1

C     -0.94553710    0.17397882    0.00000000
H     -2.01553710    0.17399200    0.00000000
F     -0.49552931    0.81036906    1.10227059
Cl     -0.35889057    -1.48537221    0.00000000
Br     -0.30885941    1.07435316    -1.55950876


--Link1--
%chk=test2.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p M062X/6-311g(d) opt

[No Title]

0 1
C     -0.94553710    0.17397882    0.00000000
H     -2.01553710    0.17399200    0.00000000
H     -0.49552931    0.81036906    1.10227059
H     -0.35889057    -1.48537221    0.00000000
H     -0.30885941    1.07435316    -1.55950876

 

其实--Link1--就是一个把两个任务隔开顺序计算的语法工具。上面的示例中，我将两个完全没有什么关联的任务这样写都没问题。会输出一个输出文件，但是这个文件里面包含2个Job

 

 

在一开始出现的那个同时算了VCD和ECD的输入文件中，之所以那么复杂，是因为涉及到一个读取已有波函数文件计算的环节。

 

如果你将计算CD的文件拆成文件1 和文件2在同一个文件夹中顺序运行也完全没有任何问题，计算得到的结果是一模一样的。

 

文件1

 

%chk=test.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p opt freq=vcd M062X/6-311g(d)

[weilijisuan]

0 1
C     -0.94553710    0.17397882    0.00000000
H     -2.01553710    0.17399200    0.00000000
F     -0.49552931    0.81036906    1.10227059
Cl     -0.35889057    -1.48537221    0.00000000
Br     -0.30885941    1.07435316    -1.55950876

 

文件2

 

%chk=test.chk
%nprocshared=64
%mem=200GB
#p TD(nstates=20) M062X/6-311g(d) Geom=AllCheck Guess=Read

 

我们知道，Gaussian计算结束后，总会输出一个Normal termination of Gaussian……

大家猜一下，本推文开始的双CD计算范例的输出文件中会输出几个Normal termination of Gaussian……？

 

弄懂这个问题，你将会对opt freq的联用有更深刻的认识。

 

本文涉及到的文件样本见以下网盘地址：

 

https://pan.baidu.com/s/1R84RsncXo7xKMsRb5SnefA 提取码: ki5e 

 

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