【摘要】 本文提出基于高斯过程回归的过渡态搜索算法,免Hessian计算且兼容IDPP路径初始化。27体系测试表明梯度计算减少58%,已集成DL-FIND库应用于催化/药物研发领域。

反应机理研究是理论化学的核心课题。任何化学反应的势能面(PES)均可表示为原子核坐标函数 。势能面上的极小值对应反应物与产物,而连接两者的最小能量路径(MEP)需经过一阶鞍点(SP)。该鞍点是路径上的最高能点,其能量差决定反应能垒,直接影响过渡态理论计算的速率常数。传统SP定位依赖迭代算法,每一步均需计算能量与梯度,计算成本高昂。本文提出一种基于高斯过程回归(GPR)​ 的机器学习算法,显著提升过渡态搜索效率。

 

一、过渡态搜索的理论基础

1.​一阶鞍点特性

SP需满足两个条件:

  • 能量梯度为零(
  • Hessian矩阵仅有一个负特征值
    负特征值对应的本征模  称为跃迁模,与最小能量路径相切。SP作为过渡态近似,常被直接称为过渡态(TS)。

2.传统算法瓶颈

算法类型

优势

缺陷

全牛顿法

通用性强

需计算Hessian矩阵,成本高

P-RFO优化

精准收敛至一阶SP

依赖Hessian信息

二聚体法

无需Hessian矩阵

迭代步数较多

研究表明,免Hessian的二聚体法虽需更多迭代,但因避免矩阵计算,综合效率更优。

 

二、高斯过程回归的创新应用

算法核心

结合分区有理函数优化(P-RFO)​ 与 ​GPR机器学习模型,构建势能面代理模型:

1.通过历史能量/梯度数据训练GPR模型

2.在代理PES上执行P-RFO优化

3.动态更新模型并收敛至真实SP

graph TB

A[初始几何结构] --> B[采集能量/梯度数据]

B --> C[训练GPR代理模型]

C --> D[代理PES上P-RFO优化]

D --> E{收敛?}

E --否--> B

E --是--> F[输出过渡态结构]

优势

  • 避免直接计算Hessian矩阵,计算成本降低40%以上
  • 兼容IDPP方法生成初始路径(已知反应物/产物极小值时)
  • 在DL-FIND库实现,支持27类测试体系验证

 

三、性能基准测试

对27个化学体系(含有机/金属催化反应)的测试显示:

  • ​**梯度计算次数减少58%**​(对比传统二聚体法)
  • 能量评估需求下降52%
  • 收敛稳定性提升30%

丙烷分子C-H键活化反应的势能面投影,红色标记GPR-PRFO算法定位的过渡态结构

 

四、应用场景与展望

1.​初始猜测生成

结合IDPP(图像依赖对势)方法,仅需反应物/产物结构即可构建高质量初始路径。

alt描述:基于反应物(左)和产物(右)构型,IDPP算法生成的过渡态搜索初始路径

2.工业级应用

算法已整合至DL-FIND计算库,适用于:

  • 催化反应机理解析
  • 药物分子构象跃迁模拟
  • 材料表面反应动力学研究

 

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