【摘要】 它所使用的软件主要有:VASP,MS等。

如何确定适合我实验或体系的计算方法二

第一性原理也是可以单独作为计算的一大类。

它所使用的软件主要有:VASP,MS等。

其适合的研究方向有:金属材料、非金属材料、纳米材料、半导体材料、电催化、光催化、热催化、电池、固体、界面、合金、吸附等等,其中特别是电化学使用最广泛。

具体的研究内容主要有:

(1)结构性质

结构优化

键长、键角、二面角等;

(2)常规性质计算

费米能级

DOS

功函数

Mulliken电荷

Bader电荷

电荷密度

差分电荷密度

能带等;

(3)催化相关计算

酸性HER

碱性HER

OER

ORR等;

(4)各种能量计算

吉布斯自由能

吸附能

掺杂能

形成能等

(5)异质结

异质结结构优化

异质结相关计算等;

(6)电池相关计算

迁移能垒

扩散性质等;

(7)化学反应相关计算

反应路径计算

反应机理研究

过渡态搜索

能垒计算等。

 

分子模拟

它所使用的软件主要有:gromacs,lammps等。

其适合的研究方向有:生物、生化、药物、医药、医学、有机、高分子、材料、环境等。

具体的研究内容主要有:

(1)分子对接

Host-Guest对接

蛋白质-小分子对接

DNA-小分子对接

RNA-小分子对接

小分子-小分子对接

蛋白-蛋白对接

蛋白-多肽对接

蛋白-核酸对接等;

(2)建模

同源建模

从头建模等;

(3)三维结构分析

蛋白质三级结构预测

核酸三维结构预测

蛋白、核酸在不同温度下的结构变化

蛋白、核酸在不同电场下的结构变化等;

(4)弱相互作用分析

分析蛋白结合口袋周围理化性质

小分子结合口袋周围的弱相互作用分析等;

(5)生物体系分子动力学模拟

动态分子相互作用

精确结合自由能

受体-配体组装过程等

(6)材料体系分子动力学模拟

高分子构象预测及分析

溶液体系内粒子空间分布

材料与溶液界面性质

溶剂与溶质相互作用等;

(7)药物相关模拟

药物虚拟筛选

药物衍生物库设计

成药性预测

毒性分析

Q-SAR预测模型构建等;

(8)粗粒化模拟等。

由于版面有限,下一期我们继续为大家进行介绍其他的方法。

 

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