【摘要】 它所使用的软件主要有:VASP,MS等。
如何确定适合我实验或体系的计算方法二
第一性原理也是可以单独作为计算的一大类。
它所使用的软件主要有:VASP,MS等。
其适合的研究方向有:金属材料、非金属材料、纳米材料、半导体材料、电催化、光催化、热催化、电池、固体、界面、合金、吸附等等,其中特别是电化学使用最广泛。
具体的研究内容主要有:
(1)结构性质
结构优化
键长、键角、二面角等;
(2)常规性质计算
费米能级
DOS
功函数
Mulliken电荷
Bader电荷
电荷密度
差分电荷密度
能带等;
(3)催化相关计算
酸性HER
碱性HER
OER
ORR等;
(4)各种能量计算
吉布斯自由能
吸附能
掺杂能
形成能等
(5)异质结
异质结结构优化
异质结相关计算等;
(6)电池相关计算
迁移能垒
扩散性质等;
(7)化学反应相关计算
反应路径计算
反应机理研究
过渡态搜索
能垒计算等。
分子模拟
它所使用的软件主要有:gromacs,lammps等。
其适合的研究方向有:生物、生化、药物、医药、医学、有机、高分子、材料、环境等。
具体的研究内容主要有:
(1)分子对接
Host-Guest对接
蛋白质-小分子对接
DNA-小分子对接
RNA-小分子对接
小分子-小分子对接
蛋白-蛋白对接
蛋白-多肽对接
蛋白-核酸对接等;
(2)建模
同源建模
从头建模等;
(3)三维结构分析
蛋白质三级结构预测
核酸三维结构预测
蛋白、核酸在不同温度下的结构变化
蛋白、核酸在不同电场下的结构变化等;
(4)弱相互作用分析
分析蛋白结合口袋周围理化性质
小分子结合口袋周围的弱相互作用分析等;
(5)生物体系分子动力学模拟
动态分子相互作用
精确结合自由能
受体-配体组装过程等
(6)材料体系分子动力学模拟
高分子构象预测及分析
溶液体系内粒子空间分布
材料与溶液界面性质
溶剂与溶质相互作用等;
(7)药物相关模拟
药物虚拟筛选
药物衍生物库设计
成药性预测
毒性分析
Q-SAR预测模型构建等;
(8)粗粒化模拟等。
由于版面有限,下一期我们继续为大家进行介绍其他的方法。
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