【摘要】 最近小编着重研究了一下CASTEP计算NMR的相关内容。

 

最近小编着重研究了一下CASTEP计算NMR的相关内容。这里把小编学习使用到的资料与大家进行一下分享。

 

首先如果是操作的话,看MS自带的软件教程,看完如何计算L-丙氨酸17O的NMR谱图就够了。这个教程里面从建模到计算到分析都给出了说明。

 

如果对NMR计算有更深层的要求,需要知道更多的信息,这里推荐大家阅读CASTEP官方提供的。CASTEP使用密度泛函微扰理论和GIPAW方法来计算固体和分子中的化学位移。还可以计算电场梯度张量(EFG)和自旋-自旋(J)耦合。这些概念的理解可以参考CASTEP workshop中的

 

The Power of Solid-State NMR

GIPAW A solid-state theory for NMR

Applications of NMR Calculations

 

以上资料在本期推送中,获取方式见文末。

 

英国还有个叫做CCP-NC(Collaborative Computational Project for NMR Crystallography)的组织,该组织主要就是晶体NMR计算相关的计算研究工作。该机构网站上给出了使用MS做NMR计算的更详细的教程。

 

该机构主要的计算研究工具是CASTEP,其次是QE。以下是该机构给出的MS-CASTEP计算NMR教程

 

1.CASTEP calculations using Materials Studio

 

https://www.ccpnc.ac.uk/output/castep-calculations-using-materials-studio

 

上面这个教程基本属于从0开始教怎么用MS做计算,做NMR的计算。从准备模型到几何优化到NMR性质计算。

 

2.Isolated molecule calculation protocol with Materials Studio

 

https://www.ccpnc.ac.uk/output/isolated-molecule-calculation-protocol-with-materials-studio

 

上面这个教程是使用MS-CASTEP研究孤立分子的NMR的计算教程。

 

3.A practical guide

 

https://www.ccpnc.ac.uk/output/castep-for-nmr-calculations

 

上述教程,主要是讲解如何使用CASTEP原版程序记性NMR计算。当然这里的一些讨论完美适用于MS-CASTEP,比如晶体中结晶水要不要删除,超胞能不能用来做计算之类的讨论。

 

这个组织还有一个存储NMR数据的数据库,存储计算得到的magres文件。也许,你想计算的固体核磁数据已经被数据库收录了。

 

https://www.ccpnc.ac.uk/database/

 

例如搜索个苯酚的数据,直接就搜索到了

 

 

下载得到的magres文件可以用他们自家的MagresView进行查看。

 

https://www.ccpnc.ac.uk/magresview/magresview/magres_view.html

 

或者MagresPython也可以

 

http://tfgg.me/magres-format/build/html/index.html

 

http://www.castep.org/Tutorials/Magrespython

 

MagresView不仅可以查看下载得到的magres数据,我们用MS-CASTEP计算得到的magres文件也可以导入查看。还可以进行绘图操作,弥补了MS的一个短板。绘图效果看着还是很不错的,审美在线那种。下面是小编查看自己计算的Na2O NMR的截图。

 

 

科学指南针一模拟计算联盟

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