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      分子模拟

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      项目简介

      分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。

      适合的研究方向包括但不限于:生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境等

       

      可以计算的体系包括但不限于:生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子等

       

      常用软件:gromacs,lammps,amber等

       

      可以计算的内容包括但不限于:

      蛋白三维模型搭建,如同源建模、从头建模等

      分子对接,如蛋白质-小分子,核酸-小分子,小分子-小分子,蛋白-蛋白,蛋白-多肽,蛋白-核酸等

      生物三维结构分析,如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等

      动力学研究,如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析,材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质,粗粒化模拟等

      动力学后数据分析,如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

      药物相关内容,如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等

      分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟是一套分子模拟方法,是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟,研究者得到体系原子的运动轨迹,可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟,我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间相互作用机理、纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充,广泛应用于物理、化学、材料科学和生物医药等领域。

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      结果展示

      蛋白-小分子对接确定活性位点:

       

       

      预测药物与蛋白的结合位点:

       

       

      蛋白-蛋白对接:

       

       

      不同溶剂中蛋白的结构变化研究:

       

       

      溶解聚集动力学研究:

       

       

      分子与碳纳米管的相互作用研究:

       

       

      两个分子间相互作用力的动力学研究:

       

       

      电荷性质分析:

       

      虚拟筛选(virtual screening,VS):

       

       

      成药性预测:

       

       

      结合自由能:

       

      QSAR:

       

       

      弱相互作用之氢键作用:

      弱相互作用之疏水作用:

       

      氢键数量:

       

       

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